Esses bolinhos coloridos começaram a aparecer nos livros de culinária do Reino Unido, por volta de 1790, mas o termo cupcake foi impresso pela primeira vez em 1828, no livro Seventy five receipts for pastry, cakes and sweetmeats. Nessa data, o nome foi dado à receita ou porque todas as medidas vinham em xícaras (cups), ou até mesmo porque eram assadas nas xícaras. Quem diz isso é a enciclopédia Oxford of Food and Drink in America.Antes disso, os bolinhos eram chamados de Fairy cakes (bolinho de fada), pois era muito delicados, com massa de baunilha e cobertura de fondant, perfeito para o chá britânico.
No século XIX eles foram para a América, onde se tornaram sensação. Muitos atribuem o sucesso à facilidade e rapidez em prepará-los. Nessa época os fornos não eram bons como hoje e assar um bolo convencional demorava… por isso os cupcakes eram tão convenientes.
Em 1996, foi aberta a primeira cupcakeria em Nova York que auxiliou na ascensão do cupcake. Marcado em cenas de filmes hollywoodianos, como "O Diabo Veste Prada", "Mulheres Perfeitas" e "Sex and the City", o cupcake se tornou fonte de renda para culinaristas e apaixonados por gastronomia.
